Pe-2FT to zmodernizowana wersja, produkowana od 1942 r. Zastosowano w niej silniki o większej mocy, poprawiono aerodynamikę kadłuba, a także zamontowano obrotową wieżyczkę z nkm kal. 12,7 mm.

1 maja 1945 r. w uzbrojeniu polskiego lotnictwa znajdowało się 107 maszyn Pe-2FT, większość z nich została przydzielona do trzech pułków lotnictwa bombowego. Samoloty te nie zdążyły jednak wejść do działań bojowych przed zakończeniem walk w Europie. Pe-2 pozostawały w służbie polskiego lotnictwa do 1954 r. i zostały zastąpione bombowcami lł-28 o napędzie odrzutowym. Podstawowe dane taktyczno-techniczne: załoga - 3.