Pierwsze loty prototypu miały miejsce w 1968 r. W latach 1973-1980 do polskiego lotnictwa wojskowego trafiło łącznie 18 maszyn. Wykorzystywano je do przewozu najważniejszych osób w państwie. Były także używane do holowania celów powietrznych dla wojsk obrony przeciwlotniczej. Na wyposażeniu Polskich Sił Powietrznych pozostawały do 2011 r.
Samolot, o nr bocznym 044, wyprodukowany został w 1979 r. Remont główny przechodził w Mińsku na Białorusi w grudniu 2007 r.
10 kwietnia 2010 r. podczas lotu samolotu prezydenckiego Tu-154 do Smoleńska, maszyna ta była wyznaczona, jako samolot rezerwowy dla prezydenta. Po awarii, Jaka-40 o nr bocznym 047, prezentowany na wystawie samolot przewiózł dziennikarzy do Smoleńska. Był ostatnią jednostką, która wylądowała na lotnisku w Siewiernym przed katastrofąTu-154. Ze służby w 36. Specjalnym Pułku Transportowym został wycofany w sierpniu 2011 r.
